Tajemnice
Atak Kyūbi'ego na Konohagakure - Dwanaście lat przed wydarzeniami przedstawionymi w "Naruto", Uzumaki Kushina, żona czwartego Hokage Namkiaze Minato spodziewała się dziecka, jako że była Jinchūriki Kyūbi'ego, trzeci Hokage wraz z żoną Biwako postanowili zabezpieczyć narodziny dziecka z racji słabnącej pieczęci przetrzymującej Kyūbi'ego w ciele Kushiny. Gdy nadszedł poród zjawił się Tobi, zamaskowany shinobi z Sharingan'em, był o wszystkim bardzo dobrze poinformowany, dzięki swoim zdolnością przedarł się przez ochronne bariery i zabił chroniących kryjówkę ANBU. Tobi zaatakował czwartego Hokage porywając noworodka, jednak w jego planie nie chodziło o dziecko, a o Kushinę. Dzięki odseparowaniu Minato od małżonki, Tobi zdołał uwolnić Kyūbi'ego, który zaatakował wioskę. Namikaze Minato pokrzyżował plan zamaskowanego człowieka, uwolnił spod jego kontroli Kyūbi'ego, a następnie pokonał go w walce. Niestety on i jego żona Kushina poświęcili swoje życie w obronie dziecka jednocześnie pieczętując w nim Kyūbi'ego. W wiosce poległo wielu shinobi, a wspominanie tamtych wydarzeń zostało zabronione, winą zaś obarczono klan Uchiha, który potrafił kontrolować Kyūbi'ego za pomocą Sharingan'a.
Zamach na Hyūga - Dziewięć lat przed wydarzeniami przedstawionymi w "Naruto", Konohagakure oraz Kumogakure po latach walki ogłosiły rozjem. Bohater wojny z Kumogakure, Gashir, został wybrany jako ambasador swojego kraju, do podpisania paktu o nieagresji. Okazało się, że wizyta szefa shinobi z Kumogakure, miała również drugie dno, władze wioski planowały porwać członka najsilniejszego klanu w Konohagakure, członka klanu Hyūga. Pod zasłoną nocy, Gashir podstępnie próbował uprowadzić śpiącą córkę lidera klanu, Hinate, jednak Hiashi był na miejscu i zabił porywacza. Następnego dnia władze Kumogakure zaprzeczyły takim planom, żądając tym samym zadość uczynienia w postaci głowy mordercy shinobi'ego z Kumogakure, jeżeli Hokage by odmówił, oznaczało by to rozpoczęcie konfliktu. Hiashi, lider klanu zdecydował o swojej śmierci, aby uchronić wioskę, jednak brat bliźniak Hiashiego obezwładnił lidera klanu, tłumacząc mu, że jego rolą jest poświęcenie się za główną gałąź klanu, po czym dodał że to jest wyłącznie jego wybór. Dzięki temu udało się uniknąć konfliktu zbrojnego.
Masakra klanu Uchiha - Na kilka lat przed akcją ukazaną w "Naruto", lider klanu Uchiha, Uchiha Fugaku rozpoczął działania sabotażowe, mające na celu przejąć kontrolę w wiosce. Głównym punktem planu był utalentowany syn Fugaku, Itachi, który w wieku trzynastu lat trafił do ANBU. Itachi miał służyć jako szpieg w ANBU, donosząc ważne informacje ojcu, ten jednak zrażony wojną, która dotknęła go w dzieciństwie, postanowił zawiadomić trzeciego Hokage o planach ojca i klanu. Wiadomość ta również dotarła do starszyzny Konohagakure, która natychmiast postanawia pozbyć się całego klanu, a osobą, która miała się tego podjąć był Uchiha Itachi. Aby nie doszło do konfliktów wewnętrznych prowadzących prawdopodobnie do kolejnej wojny shinobi, Itachi wyraża zgodę na podjęcie się misji, stawiając warunek, Sasuke, jego młodszy brat ma przeżyć. Pewnej nocy Itachi wybił wszystkich członków swojego klanu, doprowadzając do upadku Uchiha, sam zaś odszedł z wioski, jednak przed odejściem przypomniał władzom wioski, że będzie blisko, a Sasuke nie może spać nawet włos z głosy w innym wypadku ujawni całą prawdę o masakrze w klanie Uchiha.